Після розпаду Радянського Союзу, тоді як Бог відкрив двері для вільного благовістя в Україні,   в Житомирській обл. проводиться велика молодіжна конференція спільно з МДХ, під керівництвом Павла Храпака (на той час всеукраїнського керівника молоді церков ЄХБ). На цю конференцію приїжджають Жан-Жак Вейлер (на той час Європейський директор МДХ) та Боб Таннер (з США). Через рік разом з Джоном Данканом (на той час директор МДХ Пн. Ірландія) вони знов роблять тренінг для молоді в Україні. Вони уважно приглядалися до лідерів і шукали того, кого обрав Бог розпочати рух "Молоді для Христа" в Україні. Ним виявився молодий запальний хмельничанин Андрій Костишин.

Жан Жак відчуває поклик Бога: “їдь в у Белфаст, там Я тобі вкажу людину, що буде партнером служіння в Україні”. Він вирушає у Белфаст, де на зустрічі директорів МДХ розказує про нові можливості служіння. Випадково на цю зустріч попадає бізнесмен з Белфаста Джон Кемпбелл. Але це була воля Божа. Жан Жак знайомиться з ним, та каже що він - та людина, яка має поїхати в Україну щоб підтримати служіння. Через три місяці Джон вирушає до України, допомагає заснуванню МДХ і стає почесним президентом МДХ України. З тих пір і до сьогодні Джон є дуже близьким партнером.

МДХ офіційно зареєстрована і ця дата стає днем народження МДХ Україна.
Брати Костишини, Андрій та Павло формують бачення служіння МДХ.
Андрій Костишин закінчує коледж св. Якова та стає Національним директором МДХ Україна.
В Хмельницькому та Житомирі починаються перші в Україні молодіжні клуби, які згодом набирають великих темпів розповсюдження по різних містах.

Завдяки тісному партнерству з МДХ Пн. Ірландія, в Україну приїжджають місіонерські команди молоді і разом з українською молоддю організовують табори МДХ у різних містах та селах.
Формуються регіональні офіси та команди в Хмельницькому, Житомирі, Києві та Одесі.
МДХ розширяє спектр служінь, використовуючи різні моделі роботи з молоддю: молодіжні клуби, надихаючі Маннафести, театральне (“Відкрита маска”), спортивне (ХФЛ), молитовне (молитовні трійки) служіння, а також служіння дітям вулиці (ASK).

Стафф інтенсивно розширюється новими працівниками. По всій Україні проводяться тренінги, на яких працівники МДХ навчають церкви роботі з молоддю.
МДХ запускає процес видавництва ресурсів у книгах. В світ виходить перша збірка ресурсів “Ідеї для молодіжного служіння”.

МДХ Україна знайомиться з чудовою програмою для підліткових клубів “Скеля” (Rock Solid) з Британії і активно застосовує її серед клубів. Через два роки випускає першу річну програму “Скеля”, перекладену на російську мову. Інші дві програми виходять в 2009 р. та 2014 р.

Команда МДХ проходить навчання по лідерству від організації “Equip” та використовуючи програму “Мільйон лідерів”, організовує навчальні конференції по лідерству (нині — Школи Лідерства)

Бог дарує для МДХ України чудове приміщення для офісу в Ірпіні. З тих пір безліч тренінгів та конференцій проводяться в цьому конференц-центрі. Також офіс МДХ виступає базою для зібрань МДХ Східної Європи.
Служіння дітям вулиці активно розвивається в Хмельницькій та Житомирській областях та набуває нової форми — Денні Центри. Тепер діти ризику регулярно відвідують такі центри, де з ними займаються волонтери, допомагаючи розвиватись духовно, інтелектуально та фізично.

Велика світова економічна криза не оминула і МДХ. Багато партнерів на той час не змогли підтримувати служіння. На превеликий жаль, це був найважчий рік для МДХ України, адже кількість стаффу із 45 людей довелось різко скоротити. Залишилось трохи більше десяти працівників, які взяли на себе додаткові відповідальності, щоб не зупинилося служіння. Дякуючи Богу, МДХ змогла пройти цей складний період, зосередившись на розвитку важливих євангелізаційних моделей роботи з молоддю.

МДХ Україна активно допомагає починати служіння МДХ в Білорусі та Вірменії.

МДХ будує тісні стосунки з українськими богословськими семінаріями, викладаючи там курси по підлітковому та молодіжному служіннях.

Національний директор Андрій Костишин передає свою відповідальність Олександру Дубініну, який на той час координував підліткові клуби “Скеля”. Олександр стає національним директором, а Андрій — головою Ради опікунів.
В листопаді МДХ Україна святкує своє 20-річчя, запросивши усіх, хто був і є долученим до служіння МДХ.

МДХ Україна прогресивно розвиває актуальні напрямки роботи з молоддю: Денні центри, Школи лідерства, клуби та медіа служіння, та будує нові партнерські стосунки з Канадою, США та ін. країнами.